Die Sammlung des Migros-Genossenschafts-Bund wurde 1957 mit der Festschreibung der Statuten der Migros und des Migros-Kulturprozent ins Leben gerufen. Sie war dynamische Antriebskraft, die zur Gründung des Museums 1996 führte. Zu Beginn sammelte der Migros-Gründer Gottlieb Duttweiler zusammen mit seinem Berater lokale und nationale Kunst. Nachdem Duttweiler verstorben war, entschied sich die Migros Mitte der 1970er Jahre, die Sammlung zu professionalisieren und auf internationale zeitgenössische Kunst auszurichten.
Heute besitzt die Sammlung einen Kernbestand von ca. 500 Werken. Während sich Ankäufe in den 1970er Jahren auf Minimal Art, Deutsche Malerei und wichtige Schweizer Positionen konzentrierten, wurde der Schwerpunkt in den letzten zwei Jahrzehnten auf zeitgenössische Kunst (wie z. B. Maurizio Cattelan, Spartacus Chetwynd, Christoph Büchel, Urs Fischer, Douglas Gordon, Rachel Harrison, Mark Leckey, Henrik Olesen, Rirkrit Tiravanija, Tatiana Trouvé, Christoph Schlingensief, Cathy Wilkes, u.a.) und ihre wichtigen Vorläufer (wie z. B. Marc Camille Chaimowicz, Gustav Metzger, Stephen Willats, Katharina Sieverding, Paul Thek u.a.) gelegt. Installative Arbeiten sowie Werke, die sich mit Raumkonstruktionen, Performativität oder gesellschaftspolitischen Fragen auseinandersetzen, nehmen dabei einen besonderen Stellenwert ein. Die jüngeren Ankäufe für die Sammlung ergeben sich meist aus den Werksproduktionen für Ausstellungen. So konnten über die Jahrzehnte verschiedene grosse installative Werke angekauft und die Ausstellungstätigkeit eng mit der Sammmlungstätigkeit verknüpft werden.
Die Verantwortung für die Sammlungstätigkeit oblag im Laufe der Zeit verschiedenen Protagonisten: Urs Raussmüller (1978–1985), Jacqueline Burckhardt (1986–1990) und Rein Wolfs (1991–2001), der 1996 das Museum gründen konnte. Seit 2002 ist Heike Munder Direktorin des Museums und somit auch für die Ankäufe verantwortlich. Die Werke werden in temporären Sammlungsausstellungen oder gemeinsam mit anderen zeitgenössischen Kunstpositionen gezeigt. Die Besucher erleben so die Sammlung im Kontext heutiger Kunstproduktion und entdecken ihre zahlreichen Facetten immer wieder aufs Neue.
Die Sammlungsarbeit im Museum umfasst immer ein Blick sowohl in die Zukunft als auch in die Vergangenheit. Es geht darum, Geschichte zu formulieren, dies aber stets im Wissen um deren Konstruiertheit und mit der Möglichkeit, sie zu reformulieren oder zu variieren.